Sejarah MTsN 3 Padang Pariaman berasal dari MTs Al Manar,yang Ketika itu dipimpin oleh Dra.Zahara.Seiring dengan perkembangan dan kebijakan dari Pemerintahan khususnya dari Departemen Agama,sesuai dengan kesepakatan Pemuka Masyarakat dan Pengurus MTs Al Manar Ketika itu maka dilakukanlah penegerian Madrasah tersebut oleh Pemerintahan pada tahun 1993 dengan nama MTsN Kampung Dalam.Berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia No 63 Tahun 2016 Tahun 2016 tentang urutan nomor Madrasah.Atas dasar berdirinya sekolah MTsN Kampung Dalam urutan No 3 se Kab.Padang Pariaman,maka Pemerintah mengganti dengan nama MTsN 3 Padang Pariaman.

dengan periode kepemimpinan sebagai berikut :

1. Dra.Zahara Tahun 1983 s/d 1987.

2. Drs.Amminuddin syam Tahun 1987 s/d 1993.

3. Drs.Busra Abbas Tahun 1993 s/d 1996.

4. Dra.Ardianis Tahun 1996 s/d 1997.

5. Drs.Erman Tahun 1997 s/d 2003.

6. Yahya,S. Ag Tahun 2003 s/d 2004 (Pjs).

7. Drs.Warman Tahun 2004 s/d 2006.

8. Drs.Khafrizal Tahun 2006 s/d 2007.

9. Drs.Jasman Tahun 2007 s/d 2011.

10. Zulkifli,S .Pd Tahun 2011 s/d 2013.

11. Suhermi,S Ag Tahun 2013 s/d 2017.

12. Dra.Salvina, M.Pd Tahun 2017 s/d Sekarang.